Міжрегіональне співробітництво між Україною та СР є одним із найважливіших напрямків всього спектру двосторонніх відносин.
Між двома країнами на міжрегіональному рівні укладено близько 50 угод про співпрацю, партнерськими відносинами зв’язані 15 міст обох країн, у тому числі і столиці наших держав – Київ та Братислава. Встановлено контакти між усіма 8 краями Словаччини та 10 областями України. При цьому процес розширення та поглиблення міжрегіональних зв’язків постійно триває.
На території України та СР постійно проводяться спільні заходи, наукові та практичні конференції, семінари з різних актуальних питань міжнародного життя обох країн та українсько-словацькі дні добросусідства, які відбуваються на спільному державному кордоні. Обидві країни беруть активну участь у різних проектах міжнародного транскордонного співробітництва.
За останній час започатковано партнерські зв’язки між Запорізькою областю та Бансько-Бистрицьким самоврядним краєм СР, Харківською областю та Трнавським самоврядним краєм СР, Дніпропетровською областю та Братиславським самоврядним краєм СР.
Крім цього, встановлено зв’язки між Кіровоградською областю та Нітрянським самоврядним краєм. Готова до підписання Угода між Одеською областю України та Жилінським самоврядним краєм СР.
19 квітня 2013 р. в Харкові було підписано Угоду про співробітництво між м. Харків та м. Трнава.
Сприяючи встановленню міжрегіональних партнерських контактів, Посольством України в СР було запропоновано словацькій стороні встановити партнерські зв’язки між м. Луцьк і м. Нітра. Так, дорадчою комісією магістрату м. Нітра було ухвалено рішення про налагодження співпраці з українським містом у різних областях.
З 25 травня по 1 червня 2014 року в СР перебували на експертному стажуванні, організованому Словацькою асоціацією зовнішньої політики на кошти Міжнародного Вишеградського фонду, члени делегації регіональних представників України, зокрема з Чернігівської обласної ради, Хмільницької міської ради, міський голова м. Кобеляки, міський голова м. Карлівка, міський голова м. Новосанжарськ.
14-15 червня 2014 року на сході Словаччини у м. Свидник перебувала делегація Закарпатської області, яка взяла участь у щорічному фестивалі русинів-українців СР. Під час візиту між містами-побратимами Свидником та Раховом була підписана угода про культурну співпрацю.
26 червня 2014 року у Словаччині перебувала делегація представників органів місцевого самоврядування міст та селищ України, які відвідали СР у рамках програми стажування українських фахівців за підтримки Вишеградського фонду з метою обміну досвідом з реформування сфери державного управління в Угорщині, Словаччині та Польщі.
20-21 квітня 2015 року у м.Чернігів відбулося регіональне засідання у форматі Україна – Вишеградська група на рівні заступників міністрів, присвячене питанням децентралізації та реформі місцевого самоврядування.
15 травня 2015 року на українсько-словацькому кордоні в пункті пропуску «Малий Березний-Убля» відбулося свято - День добросусідства, організаторами якого виступили: Закарпатська обласна державна адміністрація, Закарпатська обласна рада, Кошицький та Пряшівський самоврядні краї. В рамках заходу було підписано Програму спільних дій Закарпатської обласної ради, Закарпатської обласної державної адміністрації і Пряшівського самоврядного краю на 2015-2016 роки та Виконавчий протокол № 7 до Меморандуму про співпрацю між Закарпатською обласною державною адміністрацією і Кошицьким самоврядним краєм на 2015-2016 роки.
9-10 червня 2015 року у Братиславі відбувся Форум керівників столиць та столичних регіонів країн В-4, участь у якому також взяла делегація Австрії. Українська сторона була запрошена на Форум у якості спостерігача. Під час роботи форуму були обговорені актуальні питання самоврядування столичних регіонів, проблематика управління столичних міст, визначено спільну взаємодію у рамках відповідних виконавчих європейських структур з метою вдосконалення роботи самоврядних органів у центральноєвропейських країнах. За результатами роботи саміту його учасники прийняли спільну декларацію.
13 серпня 2015 року з робочим візитом у Закарпатській області України перебував Заступник голови НР СР Я.Фігель у супроводі Почесного консула України в СР С.Обіцького. У ході проведених переговорів йшлося про можливість реалізації спільних інфраструктурних проектів та відправлення на відпочинок до СР закарпатських школярів. Відзначено активну співпрацю у рамках міжрегіонального партнерства з Кошицьким і Пряшівським самоврядними краями у сфері транскордонного співробітництва, зокрема, в рамках спільної участі в грантових програмах, наслідком чого стануть реальні інвестиції з ЄС в економіку Закарпатського краю.
21 травня 2016 року у міжнародному пункті пропуску «Ужгород–Вишнє Немецьке», на українсько-словацькому кордоні, традиційно відбувся День добросусідства. Було підписано Меморандум про співпрацю між Закарпатською ОДА та облрадою та Кошицьким самоврядним краєм, а також Меморандум про співпрацю з Пряшівським самоврядним краєм.
23 листопада 2016 року в м. Пряшів, Словаччина, відбулася словацько-українська конференція на тему: «Важливість співпраці Словаччини та України, яка здійснюється в рамках двостороннього співробітництва через кордони».
15 грудня 2016 року Інститутом політичної освіти за сприяння Посольства України в Словаччині було організовано та проведено низку зустрічей депутатів міських рад, представників громадських організацій України, бізнесменів з Головою міжпарламентської групи дружби з Україною Національної Ради СР, депутатом НР від правлячої партії «Смер-СД» М.Крайковичем, а також Головою району Братислава Д.Пекарем. Відбувся обмін думками щодо торговельно-економічної взаємодії, регіонального співробітництва між країнами.
26 квітня 2017 р. у м. Кошице було проведено Словацько-Український форум.
13 травня 2017 р. у пункті пропуску «Малий Березний-Убля» відбулося традиційне свято, українсько-словацький День добросусідства. У рамках заходу було підписано: Виконавчі протоколи до Меморандумів про співпрацю між Пряшівським самоврядним краєм, Закарпатською обласною державною адміністрацією, Закарпатською обласною радою на період з травня 2017 р. по травень 2018 р. та Кошицьким самоврядним краєм відповідно.
14 червня 2017 р. у м. Кошице за сприяння офісу Уряду СР у рамках «Норвезького фінансового механізму в Словацькій Республіці» було проведено конференцію «Транскордонне співробітництво». Окреслено важливі для України напрямки співпраці у транскордонній сфері та високо оцінено сприяння з боку словацького уряду розвитку прикордонної інфраструктури із залученням норвезьких грантів.
21-22 листопада 2017 р. у Східній Словаччині відбулося 13-те засідання Українсько-словацької комісії з транскордонного співробітництва, під час якого українська та словацька делегації обговорили стан та перспективи співробітництва на спільному кордоні, розвиток прикордонної та транспортної інфраструктури, питання реконструкції пунктів пропуску, проблематику охорони довкілля та попередження надзвичайних ситуацій на кордоні. За результатами засідання Комісії було підписано Протокол.
Українсько-словацьке регіональне співробітництво характеризується різноманітністю співробітництва, зокрема в економічній, соціальній, культурній та гуманітарній сферах.
Важливу роль у цій сфері відіграє співпраця між містами/регіонами-побратимами України та Словаччини, які підписали відповідні угоди про встановлення побратимських відносин, зокрема між столицями наших держав – Києвом та Братиславою.
Процес розширення та поглиблення міжрегіональних зв'язків постійно триває. Так, у березні 2021 року (в онлайн-форматі) було підписано Угоду про співпрацю між Чернігівською обласною державною адміністрацією України та Тренчинським самоврядним краєм CР.
У рамках заходів щодо налагодження співпраці між місцевими муніципалітетами України та Словаччини у 2021 році здійснено підготовчу роботу для укладення угоди про співпрацю між містом Вишгород (Київська область) та Ламачем, що є частиною Братислави. У 2022 році з метою пошуку міста-партнера для деяких міст України, зокрема: м. Калуш, м. Южноукраїнськ, м. Вараш, було проведено консультації між двома сторонами.
Також, продовжувався діалог щодо налагодженням співпраці між селищем Солотвино Закарпатської області та муніципалітетом Словаччини Соль.
За сприяння та активної участі Посольства, було проведено Дні України в місті Кошице (25-27 вересня 2022 р.) за участі делегації Асоціації міст України, у складі голів громад представників місцевого самоврядування України (представники Закарпатської, Львівської, Івано-Франківської, Чернівецької, Луганської та Донецької областей). Міжнародні партнери поділилися досвідом словацьких міст щодо діяльності місцевого самоврядування та громад. Представники муніципалітетів Словаччини розповіли про досвід інтеграції українських біженців на місцевому рівні. Окремий блок зустрічі був присвячений партнерській співпраці між словацькими та українськими містами та муніципалітетами.
На території України та СР постійно організовуються різноманітні спільні заходи, такі як науково-практичні конференції, семінари взаємних інтересів, українсько-словацькі дні добросусідства. Обидві країни беруть активну участь у різноманітних проектах міжнародного транскордонного співробітництва.
26-27 жовтня 2021 року делегація України на чолі із заступником Міністра розвитку громад та територій, національним координатором Дунайської стратегії Ігорем Корховим взяла участь у 10-му Щорічному форумі Стратегії ЄС для Дунайського регіону у Братиславі.
27 жовтня в рамках цього Форуму відбулася церемонія передачі від Словаччини до України Головування в Дунайській стратегії Україні.
Україна стала першою державою, що не є членом ЄС, яка у 2022 році головувала у Стратегії Європейського Союзу для Дунайського регіону (з листопада 2021 року до жовтня 2022 року). Протягом року було проведено низку заходів, які сприяли інтенсифікації міжрегіонального співробітництва серед країн Дунайського регіону. 19-20 жовтня 2022 року в м. Кошице було проведено ХІ Щорічний Форум Стратегії ЄС для Дунайського регіону, метою якого було посилення співпраці 14 країн-учасниць у протидії наростаючим викликам та загрозам, спричиненим військовою агресією рф.
Тісну співпрацю між українською та словацькою стороною продовжено у 2023 році.
11-12 січня 2023 відбувся спільний візит мерів- засновників Пакту вільних міст ‒ Братислави Матуша Валло, Варшави Рафала Тшасковського, Праги Зденека Гріба, Будапешта Гергелі Карачонь – до Києва. 11 січня 2023 р., у рамках візиту, було проведено зустріч з мером м. Київ В. Кличко. 12 cічня 2023 року заступник міністра закордонних справ України Євген Перебийніс провів зустріч з мерами міст-засновників міжнародної ініціативи «Пакт вільних міст». У зустрічі взяли участь мери Братислави Матеуш Валло, Будапешта Гергей Карачонь, Варшави Рафал Тшасковський та Праги Зденєк Гржіб.
Євген Перебийніс висловив вдячність за підтримку суверенітету і територіальної цілісності України та українських громадян, які знайшли тимчасовий прихисток у цих європейських столицях, а також надання ними значної гуманітарної допомоги українським містам-партнерам, зокрема енергетичного обладнання.
Сторони обговорили актуальну безпекову ситуацію та потреби України у зв’язку з повномасштабною війною Росії проти України, а також подальшу взаємодію та практичну допомогу, яку можуть надати Україні столиці Польщі, Словаччини, Угорщини та Чехії.
Зі свого боку, мери Братислави, Будапешта, Варшави та Праги підтвердили, що «Пакт вільних міст» і кожне з його міст-членів і надалі всебічно підтримуватимуть Україну у боротьбі з агресором.
Довідково: «Пакт вільних міст» – це відкритий альянс, започаткований у 2019 році мерами Варшави, Будапешту, Праги та Братислави. Європейські міста співпрацюють у захисті демократії, у боротьбі з корупцією та популізмом, захисті місцевого самоврядування та побудові ефективної взаємодії із національними урядами. Восени 2022 року до «Пакту вільних міст» приєднався Київ.
20 квітня 2023 року Едуард Бураш, радник Прем’єр-міністра Словаччини з питань транскордонного співробітництва з Україною, взяв участь у Міжнародному саміті міст та регіонів «ПАРТНЕРСТВО ЗАРАДИ ПЕРЕМОГИ», який відбувся в Києві з ініціативи Президента України Володимира Зеленського. Захід було проведено з метою розширення горизонтів співпраці Конгресу місцевих та регіональних влад при Президентові з представниками місцевих громад по всьому світу й залучення їх до підтримки України. У рамках Саміту Е. Бураш, радник Прем’єр-міністра Словаччини з питань транскордонного співробітництва з Україною відвідав зруйновані росією Бородянку і Бучу та вшанував пам’ять жертв агресії росії проти України.
30 травня 2023 року у ході візиту делегації Пряшівського краю в Україну (Ужгород, Закарпатська обл.) було підписано угоду про співпрацю та передано гуманітарну допомогу для Закарпаття.