Міжрегіональне співробітництво між Україною та СР є одним із найважливіших напрямків всього спектру двосторонніх відносин.
Між двома країнами на міжрегіональному рівні укладено близько 50 угод про співпрацю, партнерськими відносинами зв’язані 15 міст обох країн, у тому числі і столиці наших держав – Київ та Братислава. Встановлено контакти між усіма 8 краями Словаччини та 10 областями України. При цьому процес розширення та поглиблення міжрегіональних зв’язків постійно триває.
На території України та СР постійно проводяться спільні заходи, наукові та практичні конференції, семінари з різних актуальних питань міжнародного життя обох країн та українсько-словацькі дні добросусідства, які відбуваються на спільному державному кордоні. Обидві країни беруть активну участь у різних проектах міжнародного транскордонного співробітництва.
За останній час започатковано партнерські зв’язки між Запорізькою областю та Бансько-Бистрицьким самоврядним краєм СР, Харківською областю та Трнавським самоврядним краєм СР, Дніпропетровською областю та Братиславським самоврядним краєм СР.
Крім цього, встановлено зв’язки між Кіровоградською областю та Нітрянським самоврядним краєм. Готова до підписання Угода між Одеською областю України та Жилінським самоврядним краєм СР, у завершальній стадії опрацювання знаходиться проект угоди між Чернігівською областю та Тренчанським самоврядним краєм.
19 квітня 2013 р. в Харкові було підписано Угоду про співробітництво між м. Харків та м. Трнава.
Сприяючи встановленню міжрегіональних партнерських контактів, Посольством України в СР було запропоновано словацькій стороні встановити партнерські зв’язки між м. Луцьк і м. Нітра. Так, дорадчою комісією магістрату м. Нітра було ухвалено рішення про налагодження співпраці з українським містом у різних областях.
З 25 травня по 1 червня 2014 року в СР перебували на експертному стажуванні, організованому Словацькою асоціацією зовнішньої політики на кошти Міжнародного Вишеградського фонду, члени делегації регіональних представників України, зокрема з Чернігівської обласної ради, Хмільницької міської ради, міський голова м. Кобеляки, міський голова м. Карлівка, міський голова м. Новосанжарськ.
14-15 червня 2014 року на сході Словаччини у м. Свидник перебувала делегація Закарпатської області, яка взяла участь у щорічному фестивалі русинів-українців СР. Під час візиту між містами-побратимами Свидником та Раховом була підписана угода про культурну співпрацю.
26 червня 2014 року у Словаччині перебувала делегація представників органів місцевого самоврядування міст та селищ України, які відвідали СР у рамках програми стажування українських фахівців за підтримки Вишеградського фонду з метою обміну досвідом з реформування сфери державного управління в Угорщині, Словаччині та Польщі.
20-21 квітня 2015 року у м.Чернігів відбулося регіональне засідання у форматі Україна – Вишеградська група на рівні заступників міністрів, присвячене питанням децентралізації та реформі місцевого самоврядування.
15 травня 2015 року на українсько-словацькому кордоні в пункті пропуску «Малий Березний-Убля» відбулося свято - День добросусідства, організаторами якого виступили: Закарпатська обласна державна адміністрація, Закарпатська обласна рада, Кошицький та Пряшівський самоврядні краї. В рамках заходу було підписано Програму спільних дій Закарпатської обласної ради, Закарпатської обласної державної адміністрації і Пряшівського самоврядного краю на 2015-2016 роки та Виконавчий протокол № 7 до Меморандуму про співпрацю між Закарпатською обласною державною адміністрацією і Кошицьким самоврядним краєм на 2015-2016 роки.
9-10 червня 2015 року у Братиславі відбувся Форум керівників столиць та столичних регіонів країн В-4, участь у якому також взяла делегація Австрії. Українська сторона була запрошена на Форум у якості спостерігача. Під час роботи форуму були обговорені актуальні питання самоврядування столичних регіонів, проблематика управління столичних міст, визначено спільну взаємодію у рамках відповідних виконавчих європейських структур з метою вдосконалення роботи самоврядних органів у центральноєвропейських країнах. За результатами роботи саміту його учасники прийняли спільну декларацію.
13 серпня 2015 року з робочим візитом у Закарпатській області України перебував Заступник голови НР СР Я.Фігель у супроводі Почесного консула України в СР С.Обіцького. У ході проведених переговорів йшлося про можливість реалізації спільних інфраструктурних проектів та відправлення на відпочинок до СР закарпатських школярів. Відзначено активну співпрацю у рамках міжрегіонального партнерства з Кошицьким і Пряшівським самоврядними краями у сфері транскордонного співробітництва, зокрема, в рамках спільної участі в грантових програмах, наслідком чого стануть реальні інвестиції з ЄС в економіку Закарпатського краю.
21 травня 2016 року у міжнародному пункті пропуску «Ужгород–Вишнє Немецьке», на українсько-словацькому кордоні, традиційно відбувся День добросусідства. Було підписано Меморандум про співпрацю між Закарпатською ОДА та облрадою та Кошицьким самоврядним краєм, а також Меморандум про співпрацю з Пряшівським самоврядним краєм.
23 листопада 2016 року в м. Пряшів, Словаччина, відбулася словацько-українська конференція на тему: «Важливість співпраці Словаччини та України, яка здійснюється в рамках двостороннього співробітництва через кордони».
15 грудня 2016 року Інститутом політичної освіти за сприяння Посольства України в Словаччині було організовано та проведено низку зустрічей депутатів міських рад, представників громадських організацій України, бізнесменів з Головою міжпарламентської групи дружби з Україною Національної Ради СР, депутатом НР від правлячої партії «Смер-СД» М.Крайковичем, а також Головою району Братислава Д.Пекарем. Відбувся обмін думками щодо торговельно-економічної взаємодії, регіонального співробітництва між країнами.
26 квітня 2017 р. у м. Кошице було проведено Словацько-Український форум.
13 травня 2017 р. у пункті пропуску «Малий Березний-Убля» відбулося традиційне свято, українсько-словацький День добросусідства. У рамках заходу було підписано: Виконавчі протоколи до Меморандумів про співпрацю між Пряшівським самоврядним краєм, Закарпатською обласною державною адміністрацією, Закарпатською обласною радою на період з травня 2017 р. по травень 2018 р. та Кошицьким самоврядним краєм відповідно.
14 червня 2017 р. у м. Кошице за сприяння офісу Уряду СР у рамках «Норвезького фінансового механізму в Словацькій Республіці» було проведено конференцію «Транскордонне співробітництво». Окреслено важливі для України напрямки співпраці у транскордонній сфері та високо оцінено сприяння з боку словацького уряду розвитку прикордонної інфраструктури із залученням норвезьких грантів.
21-22 листопада 2017 р. у Східній Словаччині відбулося 13-те засідання Українсько-словацької комісії з транскордонного співробітництва, під час якого українська та словацька делегації обговорили стан та перспективи співробітництва на спільному кордоні, розвиток прикордонної та транспортної інфраструктури, питання реконструкції пунктів пропуску, проблематику охорони довкілля та попередження надзвичайних ситуацій на кордоні. За результатами засідання Комісії було підписано Протокол.
19 травня 2021 р. керівництво Закарпатської ОДА з офіційним візитом відвідало Пряшівський самоврядний край, де провело зустрічі з керівництвом регіону. Було обговорено перспективні напрямки співпраці, зокрема розвиток дорожньої інфраструктури, а саме будівництво автомагістралі D1, розбудова спільних пунктів пропуску,тощо.
02 червня 2021 р. з офіційним візитом до м.Ужгород прибув президент Фінансового управління Словацької Республіки Іржі Жежулка, в рамках якого провів зустрічі з керівництвом міста та області. Сторони обговорили питання належного функціонування пункту пропуску «Ужгород-Вишнє Немецке».
12 липня 2021 р. Посол України в СР Юрій Мушка відвідав Тренчинський самоврядний край (далі – ТСК), де провів зустріч з головою ТСК Ярославом Башкою. Посол передав оригінал Угоди про співробітництво між Чернігівською обласною державною адміністрацією та Тренчинським самоврядним краєм, яка, через запроваджені коронавірусні обмеження, була підписана сторонами дистанційно (19 лютого 2021 року).Були обговорені перспективні напрямки подальшої співпраці, зокрема в торговельно-економічній та культурній сферах.